いよいよ、一騎たちが北極に飛び立つ時が来た。「お前たちに未来を託す……蒼穹作戦を開始する！」全員が必ず戻って来られるように島を洋上に係留し、一騎、真矢、剣司、カノンを送り出す史彦。そして彼らを見送る乙姫には、人間としての命の終わりが近づいていた。バイオ・スフィアとして島の全てを包むミールに、生命の循環……誕生と滅びを教えるため、乙姫は竜宮島の懐へ戻らなければならないのだ。一方、北極海で人類軍と合流した一騎たちのファフナーは、フェストゥムがひしめく雪原を、ミョルニアのコア、敵のミール、そして囚われの総士を目指してひた走る。次々とフェストゥムの防衛線を突破する一騎たちをイドゥンの罠が迎え撃つ。それは、四人を分断し個別撃破するという、イドゥンに半同化された総士とジークフリードシステムが導き出した作戦だった。孤立した剣司の行く手にマークニヒトが立ち塞がる。追い詰められた剣司が無駄とも思える抵抗を試みたとき、マークニヒトとコクピットのイドゥンに変化が生じた。「それが痛みだ！フェストゥム！」総士の策によって、北極のミールの影響下にあるフェストウムは今、生と死、全と個という概念を痛みによって理解した。総士を取り戻すために、そして母たる紅音のミールを解放するために、一騎のマークザインは崩壊するフェストゥムの戦線を貫き、道を切り開く！